Фамотидин найефективніший увечері перед сном. При прийомі фамотидину двічі на добу одну дозу слід прийняти вранці, другу – увечері перед сном.. Таблетку ковтають повністю, не розжовуючи, запиваючи склянкою води. Фамотидин застосовують незалежно від їди.
Прийом фамотидин вранці натще або після їди практично не впливав на рівень гастрину в сироватці крові. Прийом фамотидин не впливав на спорожнення шлунка та екзокринну функцію підшлункової залози.
Початкова доза зазвичай становить 20 мг кожні 6 годин та може бути збільшена до 160 мг кожні 6 годин. Для профілактики аспірації шлункового соку при загальній анестезії призначають по 40 мг увечері та/або вранці перед операцією. Пігулки Фамотідіна слід ковтати не розжовуючи, запиваючи достатньою кількістю води.
Курс лікування – 4-8 тижнів. При диспепсії, пов'язаної з підвищеною функцією секреторної шлунка, призначають по 20 мг 1 -2 рази на добу. Для профілактики рецидиву виразки шлунка і дванадцятипалої кишки: 20 мг одноразово перед сном. При рефлюкс-езофагіті – 20-40 мг 2 рази на добу протягом 6-12 тижнів.