Тому правильно: "Приймати препарат протягом 3 днів", т. до." течія– Прийменник.
Прийменник "в" пишеться окремо з іменником "течія", якщо йдеться про напрям руху води. "В течіїпишеться окремо з "і" на кінці, якщо можна вставити якесь прикметник між словами (у швидкому течіїв холодному течії).
Але як вищенаведена інформація допоможе нам зрозуміти, як правильно писати: протягом дня або в течії дня? Згідно з правилом російської мови, наприкінці складного приводу «в течіязавжди пишеться буква «е».