Грудним дітям препарат можна давати безпосередньо перед годуванням. При кишкових захворюваннях: дітям першого півріччя життя препарат призначають по 5 доз на прийом 2 рази на день дітям другого півріччя та старше – по 5 доз 3 рази на день.
З метою профілактики Біфідумбактерін форте призначають дорослим та дітям старше 3 років по 1-2 капсули або по 1-2 пакетики 1-2 рази на добу; дітям до 1 року – по 1 пакетику 1 раз/сут. Профілактичний курс становить 10-15 днів 2-3 рази на рік.
Розводити препарат слід кип'яченою водою кімнатної температури, яка потребує 5 мл (1 чайна ложка) на 1 дозу препарату. Біфідумбактерін приймають за 20-30 хвилин до їди. Дітям до 1 року препарат можна давати перед годуванням. По 1-2 дози в середньому по 2-3 рази на день.