Основна відмінність прокаріот і еукаріот полягає в тому, що в клітинах прокаріотів генетичний матеріал розташовується безпосередньо в цитоплазмі і представлений нуклеоїдом, що містить найчастіше замкнуту в кільце молекулу ДНК. У еукаріот генетичний матеріал відокремлений ядерною оболонкою і, відповідно, укладено у ядрі.
Прокаріоти – Це без'ядерні організми. Із сучасних доменів життя до них належать археї та бактерії. В свою чергу еукаріоти – Це організми, клітини яких мають ядро. До цієї групи відносяться всі сучасні тварини, рослини, гриби та найпростіші.
Клітини еукаріотів більший і складніший за будовою, ніж клітини прокаріотів. У ядрі, оточеному мембраною, міститься більша частина ДНК, яка таким чином відокремлена від цитоплазми. У цитоплазмі містяться різні органели, кожна з яких має характерну структуру — мітохондрії, лізосоми, центріолі.
Прокаріоти, на відміну від еукаріотівне мають ніяких мембранних органел у структурі своїх клітин. Різноманітність цих структур досить невелика порівняно з органелами еукаріот. До того ж, багато немембранних органел зустрічаються в еукаріот, такі як рибосоми. Крім рибосом, еукаріот є пластиди та лізосоми.